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Jリーグ選手協会は選手による選手のための独立した組織ですが、Jリーグや日本サッカー協会とは、日本のサッカー界を発展させていくという共通の目的を持ったパートナーシップで結ばれており、お互いに連携し、尊重しあう良好な関係を築いています。
また、事務局同士のコミュニケーションは日常的に行われていますが、それとは別に、少なくとも年1回は執行部役員が出席してJリーグのチェアマンや日本サッカー協会の会長と会談する機会を設けています。
チェアマンとは、Jリーグに対する要望事項の申し入れやフォローアップなどについての協議を中心に、いかにJリーグ全体を発展させていくかという課題について建設的な意見交換をしています。最近の話題としては、契約や移籍の問題、罰則規定、審判に関する事項、セカンドキャリアや合同トライアウトなどの事項が取り上げられました。
又、よりスムーズな試合運びを行うために、選手と審判との信頼関係を築き上げる目的の懇談会も定期的に行うよう話し合っています。(2000年9月に一度実施されています)
会長に対しても同様に、日本のサッカー界全体の問題に対して選手の立場から様々な意見や相談をもちかけています。具体的には指導者資格を取得しやすい環境整備、日本代表の報酬やケガの補償、肖像権関係の話題などが中心になっています。